根据之前的设想，艾伦在1975年注册成立了微软公司，并获得了来自罗伯茨的软件订单。然而事情并未一帆风顺，艾伦认为自己应该和盖茨一样各自持有微软50%股份，但盖茨坚持认为软件几乎全部都是自己编写，因此需要得到60%股份。艾伦感到十分不公，他认为整个公司是自己一手策划和建立，而盖茨仅仅是做编程，但艾伦最终还是同意了盖茨的要求。这一事件预示了两个人日后分道扬镳的结局。
微软的成功让艾伦野心日盛，1980年，艾伦许诺IBM为他们开发Disk Operating System（DOS）系统，而当时他们甚至还没有写下哪怕一行代码。于是艾伦不惜血本花了5万美元买下QDOS系统，针对IBM需求进行大刀阔斧的修改。凭借两个人的智慧和努力，最终DOS获得了IBM的认可，并应用在个人计算机之上，成为当时最流行的计算机操作系统。这一合同的顺利完成，成为微软发展史上的里程碑，而同时艾伦与盖茨也借此成为富豪，并将微软建设成世界一流公司。
保罗·艾伦 永远忠于梦想
巅峰时期的被迫下野
随着微软业务的蒸蒸日上，生意伙伴越来越多，盖茨认为公司需要引进更多管理人才来支持高速发展的局面。盖茨找到了大学时候的好友鲍尔默，当时他正在宝洁市场部任职。鲍尔默是个很有个性魅力的人，他和盖茨腼腆拘谨、沉静稳重、不善交际的内向型刚好相反，他是个外向型的人，热情洋溢，有幽默感，喜欢用煽情的语调表达自己，并有极强的社交能力。而艾伦则对此深深不以为然，他认为自己才是真正懂得管理的人，从此和盖茨意见分歧日益严重。
1980年，盖茨聘请小自己一岁的鲍尔默担任总裁个人助理，也就是他自己的助理。在盖茨的游艇上以5万美元的年薪和7%股份，成功挖到鲍尔默。当时微软一共只有16名员工，而鲍尔默是第17位员工。鲍尔默也成为微软第一位非工程师员工。从此，鲍尔默开始了他在微软的职业生涯，一直到后来成为微软CEO。
