巴贝里尼宫馆藏：安德烈·萨基的壁画作品《Wisdom》
1644年，乌尔班八世去世。小安东尼奥和他的兄弟弗朗切斯科都参加了选举新任教皇的秘密会议。小安东尼奥是秘密会议中亲法派的首领，法国红衣主教马萨林希望他能帮助法国利益的代表者继承他叔叔的皇位。
然而，弗朗切斯科却秘密与亲西班牙一派达成协议，最终促使亲西班牙的帕姆菲利继任教皇，即英诺森十世。按照协议，新任教皇允许巴贝里尼家族继续拥有他们在乌尔班八世在位期间获得的职位、财富和土地。然而，英诺森十世却反悔了。小安东尼奥和塔代奥被控贪污，二人被迫流亡巴黎，接受红衣主教马萨林的保护。巴贝里尼家族的部分财产被教廷没收。
在离开罗马前，小安东尼奥将法国王冠的图片悬于门上，以此警告他的政治敌人：他是受法国保护的。后来，在塔代奥的妻子声泪俱下的请求下，教皇同意保留巴贝里尼家的财产。1647年，小安东尼奥和他的两个兄弟回到罗马。1653年，巴贝里尼家族终于与教皇和解。1655年，英诺森十世去世，小安东尼奥再次在秘密会议中扮演重要角色。
小安东尼奥曾经四处留情，风流成性，即便在逃亡法国的途中也是如此。在阿尔卑斯山与他相遇的John Bargrave说：“小安东尼奥放荡不羁、纵情酒色。”据1653年出版的一本专门列举当时的红衣主教劣行的小册子记载，小安东尼奥有好几个情妇，其中一个在怀孕时神秘死亡。不仅如此，小安东尼奥还和几个男人关系暧昧。特别与当时著名的阉伶马可·安东尼奥非常亲密。据一些历史学家考证，小安东尼奥的同性绯闻是整个罗马城的谈资。然而，在1655年前后，小安东尼奥却突然变得十分虔诚，全身心投入到宗教事业中。
