之后，阿米尔开始不断接到片约，但是票房成绩均不理想。当时的印度电影界依然把票房作为唯一的评判标准，人们开始质疑：阿米尔之前的成就是否只是昙花一现？但在1989年，阿米尔出演了低成本的文艺片《灰飞烟灭》，这部电影让他获得了印度政府设立的“国家电影奖评委会”最佳男主角奖。
在片中，阿米尔饰演一位复仇男子，彻底颠覆了之前的阳光形象，演技滴水不漏。在上世纪80年代末至90年代初，阿米尔主演了一系列票房和艺术造诣均很不错的电影，包括1990年的“Dil”；1993年的《情牵一线》，同时阿米尔也参与了该片的剧本撰写；以及1995年的《艳光四射》。
与众不同的宝莱坞明星
自此后，阿米尔每年都会出演一部或两部电影。在1996年，他只接受了《忘情恋》一片的邀请。这部影片是上世纪90年代整个印度国内票房最好的电影，也让阿米尔获得了“印度奥斯卡”的最佳男主角奖。不过自那时开始，他似乎遭遇瓶颈，之后几年的表现都很一般。
一直以来，阿米尔都希望能制作完全属于自己的电影。在2001年，他成立了自己的电影公司，推出的第一部影片就是《印度往事》，由他自己担任主演。除了获得印度国内多个奖项，《印度往事》还获得了第74届奥斯卡最佳外语片奖提名，但是最后不敌《无助地带》。
最让国内观众印象深刻的，应该是阿米尔主演、2009年上映的《三傻大闹宝莱坞》。这部电影打破了印度影史的一系列纪录，是当时全球总票房最高的印度电影。在印度，该片更是力压同期上映的《阿凡达》。抛开影片得到的赞誉不说，阿米尔当时已经40多岁，却要饰演20岁的大学生。为了让自己面色红润、更像年轻人，在每一个镜头拍摄之前，阿米尔都要先打一场羽毛球。事实证明，他的确把一位聪颖活泼的大学生演得活灵活现。
改变印度社会的愿景
世界并不美好。在印度国内，除了贫穷，还有来自种姓歧视、性别歧视的严峻问题。从阿米尔出道以来，他一直坚持直率的性格，忠于自己的想法。除了获得巨大的商业成功，阿米尔的电影都或多或少折射出印度的社会问题，体现了他的社会责任感。
2006年4月，阿米尔参加了由梅哈·帕卡领导的一个游行，因为古吉拉特邦决定增加当时纳尔马达河大坝的高度，而这个措施有可能会让当时一些贫穷的人们失去家园。阿米尔公开表达了自己的反对意见，但是没有料到的是，他的言论居然引起一场不小的风波—当地执政的印度人民党要求他公开道歉、收回言论，他的电影《芭萨提的颜色》被迫提前下线，《为爱毁灭》也在古吉拉特邦遭到封杀，损失达到5亿卢比。
但阿米尔认为自己并没有错，因此拒绝道歉。在重重压力面前，阿米尔没有退缩，他拒绝道歉并一再重申自己的立场：“即使职业和商业利益受损，我仍坚持自己的观点。我在与一个庞大的组织对抗，最终也许被撞得粉碎，但我不会退缩。”印度当时的总理莫汉·辛格表示了对阿米尔的支持：“必须承认，每个人都有表达自己观点的自由。”
